前身是余杭县越剧团。1955年5月，余杭县众艺越剧团和德清县新立越剧团合并成立余杭县建新越剧团。1957年正式命名为余杭县越剧团。1958年10月余杭县划归临安县管辖，更名为临安县越剧二团。1961年4月恢复余杭县建制，复名为余杭越剧团。1965年5月，该团和杭州市“大东风”、“小东风”两个越剧团合并，分为余杭县越剧一团(以余杭县越剧团和“大东风”为主)、余杭县越剧二团(以“小东风”为主)。1966年8月，两个团的部分演职员组成余杭县毛泽东思想文艺宣传队。1978年4月11日恢复余杭县越剧团。
曾以男女合演、文武皆备的艺术特点，演出《杨门女将》、《十里红妆》等传统名剧影响于社会。其间，茅桂兰、杨小楼、陶显玲、张国根先后任主要领导。主要艺术人员有汪小桢、杨淡风、茅桂兰、徐水蓉、方宽太、吴强、俞忠尧、沂德华、鲁丁、胡爱华等。
80年代末，余杭市委、市政府为振兴剧团，在全省招收了29名女学员，经培训后于1994年组建成面貌一新的余杭市小百花越剧团。5年间排出9台大戏，其中《罗家小将》、《魂断深宫》、《杨乃武》三剧为该团创作剧目，先后参加杭州市新剧目会演，获优秀剧本奖、优秀演出奖、优秀导演奖、优秀舞台美术奖和作曲奖，以及演员一等、二等奖等多项奖。《罗家小将》还获1997年首届杭州市“五个一工程”奖，《杨乃武》获省第八届戏剧节编剧奖、演出奖等多项奖。
主要青年演员朱晓勤、张惠芳。主要小百花演员李霄雯、冯小娟，金采芳、洪燕琴、魏晓燕等。90年代主要领导有：书记谭均华、莫桂松，团长李雪华、施敬德、王文圭。